黑松苗木在生长过程中，易受到病虫害侵袭，常见病害有松针锈病、松材线虫病，虫害有松毛虫、松梢螟，需提前做好防治工作。
对于松针锈病，发病初期可喷洒波尔多液或代森锰锌溶液，每隔 7-10 天喷一次，连续喷洒 2-3 次；松材线虫病危害极大，一旦发现病株，需及时砍伐烧毁，并对周围土壤和苗木喷洒杀线虫剂，防止病害扩散。
针对松毛虫，可利用其天敌赤眼蜂进行生物防治，或喷洒氯氰菊酯乳油等杀虫剂；松梢螟主要危害苗木嫩梢，可在幼虫孵化期喷洒敌百虫晶体溶液，同时及时剪除被害梢，集中烧毁，减少虫源。日常要加强苗木养护，增强树势，提高苗木自身抗病虫能力。
